施設に入ってすぐに目に入るのが、ミドリムシの培養槽。ユーグレナでは2005年に世界初となる屋外でミドリムシの大量培養に成功したという。
現在は沖縄県の石垣島の提携施設にてミドリムシの培養から収穫、乾燥と粉末化までを行っている。粉末化されたミドリムシは、提携企業などがサプリメントや食品に加工し、さまざまなルートで販売される。
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