設定したライセンス条件は後で変更可能。ただし、その変更の効果は、原則として変更後に利用された作品にのみ及ぶといい、ライセンス条件変更前に投稿された動画には及ばない。ただし、既に公開済みの作品であっても、別のサイトに公開したり、再投稿したりした場合は、その時点のライセンス条件が適用される。
公序良俗に反すると認められる作品については、ニコニ・コモンズを運営するニコニ・コモンズ事務局の判断で削除する。 ニコニ・コモンズ事務局は作品を監視するほか、他の利用者からの通報があった場合に内容を確認し、削除などの対応をする。削除された作品の登録者には、通知が行くようになっている。
また、権利侵害作品についても、権利者からの申請に基づいて削除される。有効な異議の申し立てがあった場合は、ニコニ・コモンズ事務局が処分を決定する。
素材作品の有料ライセンスについては、利用の申し込みがあった場合、当事者間で条件を決定するよう求めている。利用希望者は素材作品登録者に対して許諾を直接申し込む形をとる。ニコニ・コモンズ事務局を経由した許諾の申し込みについては、将来的に用意する予定という。また、有償ライセンスの仕組み自体も、用意する計画があるとのこと。
なお、ニコニ・コモンズ事務局はコモンズ作品の登録や利用に関する紛争に関与しないとしており、問題は当事者間で解決する必要があるとのことだ。
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