これまでFenrirFSでファイルを管理するには、ファイルの実体をFenrirFSで指定したフォルダに移動する必要があったが、最新版ではエイリアス管理に対応したことで、ファイルの実体を動かさずにFenrirFSに登録できるようになった。
エイリアスは、Windowsのショートカットとほぼ同じ機能で、よく使うファイルやフォルダへの参照情報を登録し、すぐにアクセスできるようにする機能のこと。エイリアスでファイルを管理する場合は、環境設定のメニューからドロップ操作を選択し、エイリアスモードにチェックするか、ファイル登録の際に右クリックでドラッグ&ドロップするとエイリアス作成をメニューから選べる。