マイアミ大学は、DDNストレージの導入により消化器癌の治療法発見を加速

DDNは、ゲノムシーケンシングを400％加速し、 ウイルスと癌の相互関係を明らかにしてCancer Genome Atlas計画に寄与し、治療法発見に取り組む研究者2000人の共同研究をサポートします

DDNは、マイアミ大学の計算科学研究センターが、高性能な DDN GS12K(TM) スケールアウトファイルストレージを導入したと発表しました。



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2015年11月10日

Santa Clara, Calif. — November 5, 2015 （米国発表日）

ニュース
DataDirect Networks (DDN) は、マイアミ大学の計算科学研究センター (Center for Computational Science、CCS) が、科学的発見を加速し、世界中の研究者とのコラボレーションを促進するため、高性能な DDN GS12K™ スケールアウトファイルストレージを導入したと発表しました。CCSは、米国で最大の集中型学術サイバーインフラの1つで、アルツハイマー病、パーキンソン病、消化器癌、麻痺及び気候モデリング、ならびに海洋/大気科学研究で非常に重要な発見を推進しています。

2000人以上の国内研究者と世界中の多数の産学セクターの専門家の協力者は、ワークフロー管理、データ管理、データマイニング、意思決定サポート、視覚化そしてクラウド・コンピューティングの分野で共働しています。ワークフローを効率化し、データ集約型の発見への需要を満たすため、またデータを研究の過程で透過的に移動することができるように、CCSは、データキャプチャーと解析能力のある、ハイパフォーマンスコンピューティング (HPC) 環境を統合しています。

データキャプチャーと解析を簡素化するため、CCSは、ユーザー感の密なやり取りから生じる非常に高い IOPS要求を満たしながら、帯域幅主導のワークロードを扱う、DDNのパワフルで用途が広い GS12Kストレージを活用しています。その結果、CCSは、現在、15台の Illumina HiSeqシーケンサーを使い、異なるシミュレーションによる複数の科学モデルから生成される大量のデータを、DDNストレージへ同時に、キャプチャー、保管、配分をしています。DDNのおかげで、CCSは、ゲノム・マッピングと SNP呼び出しのための複雑な計算時間を、72時間から17時間に削減しました。

「私たちがCancer Genome Atlas のために、ほとんどペタバイトのデータ量の、何千というサンプルを解析することができるのは、DDNのおかげです。」とマイアミ大学の director of the Center for Computational Sciences である Nicholas Tsinoremas 博士は述べました。「DDN のような、堅牢なストレージプラットフォームを持つことは、特定のウイルスと消化器癌の関係を明らかにした私たちの最近の研究のような、推進力を持つ発見のためには、必要不可欠です。以前は、私たちにはそのレベルの演算ができませんでした。」

ツイートする: @ddn_リンク to demonstrate #HPC leadership, workflow optimization & application acceleration Booth #633 at #SC15 リンク

CCSは、高いI/O と双方向プロセッシング要求の両者を満たす、巨大なストレージプロセッシング力に加え、大型並列処理と小型の連続処理をサポートできる、柔軟なファイルシステムを必要としていました。その上、同センターは、解析中に起こる大幅なデータ急増「飛行するデータ」という課題に取り組まなければなりませんでした。それはストレージに対し、しばしば10倍もの急上昇となっていました。CCSのすべての要求に容易に対応できるDDNの性能は、複雑なレイヤーを加えることなくシームレスに拡張しながら、1つの集中型ストレージプラットフォームを活用してCCSのすべての要求に応えました。

また、ゲノミクスアセンブリー、アラインメント、マッピングに対してDDNの同類製品の中でも最高の性能により、CCSは、アプリケーション要求、たとえば、イニシャルマッピングのためのBWAとBowtieの使用や、異変分析とSNP呼び出しのための SamTools と GATK など、すべてを容易にサポートすることができるようになりました。

「私たちのシステム更改は、世界中のどこでも、誰にでも、データの共有あるいは利用を可能にするためです」と Tsinoremas 博士は付け加えました。「今、私たちは、HPC コミュニティの内外の研究者をひきつける、多様な能力のあるストレージを持っています。DDN と共に、私たちは、主要な科学的発見とブレイクスルーを促進するためすべてのタイプのリサーチデータを生成、分析、統合できるポジションにあるのです。」


関連資料
University of Miami Center for Computational Science case study
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Genomics Solution Brief
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