お約束化した電解コンデンサ問題がある気がします。
ただしほとんどの場合パンクしたら換装するだけなので、
コテを持ってる人には大した問題では無いですね。
信頼性に影響を与えてるのはBIOSの問題です。
不思議と6ba32bax.binで再起動障害が出るケースがあり、
6ba32aax.binにバージョンを下げると再現されなくなります。
ボードのリビジョンのためなのか、全く問題が無いモノもありました。
実用では障害が残っても問題にはなりませんが、
気持ちとしてスッキリしないものがあります。

相性はBXマザーなのでメモリ周り・AGP周りとも特に問題は無いようです。
BXマザーではASUSのP3B-Fなどが有名＆人気ですが、
実用上ではSY-6BA+IIIや6BA+IVと大差なく感じました。
個人的には扱いやすかったとも言えるかと思います。

ATXコネクタがSlot近くにあるために扱い難いですが、
実装されている電解コンデンサの背が低い事は換装時など扱いやすい点です。
IDEコネクタとFDDコネクタが少しずらして配置してあるのも良いですね。
6BA+IIIは凄く細かい部分での違いがあって、
メモリスロット１つ取っても止め具が小さかったり大きかったりあります。
私は大きいヤツがカチッとしてたし大きい分扱いやすかったです。

PCIに割り振るIRQで少し悩む場合があるかもしれませんが、
その程度は自作には当たり前の事ですしたいていは回避策もあります。
そういうのが嫌な人は自作はしないので大丈夫なハズですね。

BXマザーだしメーカーサイトでも確かFSB66/100となっていたと思いますが、
実際はFSB66〜155MHzくらいまであったはずです。
6BA+IIIにATA66対応をさせたのが6BA+IVのようなので、
ATA66不要、ATA66はPCIで対応という場合はこちらでも良い気がします。