本体の入出力ポートには一部変更があった。既存のiPod（写真下）はDockコネクタ、ワイヤードリモコン用コネクタ、ステレオヘッドフォンジャックの3つのポートがあったが、新型iPod（写真上）ではDockコネクタとステレオヘッドフォンジャックの2つになった。このため、リモコン用コネクタで接続していた既存のアクセサリを新型iPodで使うには、サードパーティからアダプタが登場するのを待たなくてはいけない。
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