大阪大学など、蛋白質の立体構造データベースをXMLで公開実験

　大阪大学蛋白質研究所PDBj、日本電気株式会社（NEC）、株式会社ビーコンインフォメーションテクノロジー、および三井物産株式会社は7月8日、XMLによる蛋白質の立体構造データベース（Protein Data Bank：PDB）の公開実験を開始すると発表した。

　この公開実験は、PDBをインターネット上で公開するための実証実験として位置付けられており、3カ月間バイオ関連の研究者や技術者に対して公開されるもの。W3Cで標準化が進んでいるXPathをベースにした検索方式であるXQueryを利用する。XQueryを使うと、繰り返し、代入、比較などの機能を簡単に記述できるのが特徴だ。

　PDBには現在2万1000を超えるデータが格納されている。既存のPDBフォーマットは何度か見直されているが、フォーマットとしての限界が指摘されている。XQueryを用いることで必要なデータの検索性が向上し、関連する研究がさかんになると予測されている。

　公開実験を通じて、アクセス頻度やシステムにかかる負荷、および処理に必要な時間などの情報を収集・分析する。また、大阪大学蛋白質研究所PDBjでは、使用された製品名やユーザー名が特定されるデータを除き、今回の実験終了後に実験結果を公開する予定だ。