標準のCCXとCCXRと同様に、2つの限定モデルの違いは燃料だ。Koenigseggは2007年3月の「Geneva Auto Show」で、CCXRのバイオ燃料バージョンの製造に取り組んでいると発表した。同社によると、CCXRは、「E85」(ガソリンにエタノールを85%混ぜた燃料)で1000馬力を実現する史上初の車だという。「バイオ燃料はオクタン価が高く、冷却特性があるので、パワーは7200rpmで最高1018馬力、トルクは6100rpmで1060Nm(ニュートンメートル)だ」と、Koenigseggは声明で述べている。同社はまた、これまで販売したCCXの全オーナーに対し、希望があれば、バイオ燃料対応に改造するオプションを提供すると述べた。