E-1のAFスピードはお世辞にも早いとは言えないレベルのものであった。静物や動きの少ない被写体には問題ないものではあったが、動きの速い被写体の撮影には結構苦労をさせられた。ところがこのE-3ではAFシステムそのものが別次元のものとなり、同時発売されたズイコーデジタル初の超音波モーター内蔵レンズ「ZUIKO DIGITAL ED 12-60mm F2.8-4.0 SWD」との組み合わせでは世界最速AFを謳うほどである（E-3発売時オリンパス調べ）。
今までのEシステムでは一貫して3点だったAF測距点（AFターゲット）が一挙に11点へと増え、それらすべての測距点が縦線と横線を認識するセンサーを掛け合わせたクロスセンサーとなっている。そのうえ各センサーは2ラインで構成され、そのラインを半ピッチずつずらした千鳥配列にすることで、認識精度を上げているという。
さらに光源の違いによるAF精度のブレもAFセンサーに使用するセパレーターレンズの改良と外光の解析精度の向上により改善したそうだ。また暗い場所でのAF精度も上げられており-2EVという低輝度においてもAFが可能となった。実際に多くのデジタル一眼が苦手とする暗い環境においても、驚く程にしっかりとAFが働いてくれる。これらAFの改善は超音波モーター内蔵（SWD）レンズだけでなく、従来の非SWDレンズにおいても有効となっており非常にありがたい。
E-3のファインダー内。AFターゲットが11点となっている。位置は過去に撮影された膨大な写真におけるピント位置から割り出した点であるという。ただプロ機としては11点ではまだ少ない。もっと増やして点ではなく面での測距を実現して欲しい。尚、私のE-3ではフォーカシングスクリーンを標準のものから方眼マット式スクリーンFS-3へと交換してある。交換はオリンパスのサービス拠点にて有料で可能だ
左がズイコーデジタル初の超音波モーター内蔵レンズ「ZUIKO DIGITAL ED12-60mm F2.8-4.0 SWD」。このレンズとE-3の組み合わせで世界最速AFを実現している。搭載されている超音波モーター(SWD)はオリンパスが独自開発したもので、高トルクと急制動により高速で正確なAF制御が可能となったそうだ。今まで使用していた標準ズームレンズ「ZUIKO DIGITAL14-54mm F2.8-3.5」（右）と比べると太さも長さも一回り大きくなっており重量も140g重くなっている。ただ広角端および望遠端がより広がっており、35mm版換算で24-120mm相当と非常に扱いやすいズームとなった。防塵防滴なのも心強い
新たに発売となった「ZUIKO DIGITAL ED50-200mm F2.8-3.5 SWD」（左）。このレンズにも超音波モーター(SWD)が搭載されている。旧「ZUIKO DIGITAL ED50-200mm F2.8-3.5」（右）から基本的な光学設計は変更されていない。デザインが若干変更されたのと重量が75g、太さが3.5mm増えてはいるがフィルター径は67mmと変わっていない。ただ付属されるフードは旧製品よりも太いものが用意されているので、カメラバッグなどにしまう時にはそのサイズの違いが気になる。三脚座の高さも若干高くなっているようだ。こちらも防塵防滴仕様となっている
E-3のAFモードは11点のAFターゲットすべてを使用して自動選択をする「オールターゲット」、任意1点のAFターゲットを使用する「シングルターゲット」、任意1点のAFターゲットとその周囲のAFターゲットで被写体を捕捉する「ダイナミックシングルターゲット」の3モードが用意されている。
AFモードの切り替えとAFターゲットの選択はボディ右肩にある「AFターゲットボタン」を押してメイン&サブダイヤルまたは十字ボタンを操作して行う。「AFターゲットボタン」を押すとファインダー内のAFターゲット表示が赤く点灯するので、ダイヤルおよび十字ボタンを操作して任意のAFモードとポイントを選択する。AFモードの切り替えとAFターゲットの選択は背面液晶モニターを利用したスーパーコンパネやMENU画面からの操作も可能だ。
AFターゲットボタンを押すと背面液晶モニターに現在選択しているAFターゲットモードを表した画面が表示される。これはオールターゲットモード
ダイナミックシングルターゲットモード。ターゲットモードの選択はAFターゲットボタンを押しながらメイン&サブダイヤルを操作して切り替える
シングルターゲットモード。任意のAFターゲットを選択するにはAFターゲットボタンを一回押した後にメイン&サブダイヤルまたは十字ボタンを操作する
MENU画面からもAFターゲットモードの切り替えおよびAFターゲットの任意選択が可能
AFターゲットの切り替えは上記の初期設定での切り替え方法とは別に「循環1」「循環2」という選択方法が用意されている。これらをうまく利用し、素速いAFターゲットの選択を行うことができる。
E-3のAFターゲットモードおよびAFターゲットの選択方法は、若干くせのあるものなの。相応の慣れが必要だ。もう少し直感的に操作できる機構があるとなお良い。たとえば、ソニーα700のようなAFジョグスティックのような即応性の高い選択方法もいいだろう。
循環1：メインダイヤルで上下、サブダイヤルで左右のAFターゲットを選択して、一番端のAFターゲットまで行くといったんオールターゲットモードになった後に同列反対側のAFターゲットに移動する
循環2その1：メインダイヤルのみでAFターゲットを選択して、一番端のAFターゲットまで行くといったんオールターゲットモードになった後にとなりの列のAFターゲットに移動する
循環2その2：サブダイヤルのみでAFターゲットを選択して、一番端のAFターゲットまで行くといったんオールターゲットモードになった後にとなりの列のAFターゲットに移動する
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